Интернет ДНК

ВНИМАНИЕ: на событии будет организован синхронный перевод, наушники будут выдаваться только при наличие паспорта или водительского удостоверения.

13 декабря R&D центр Dell EMC совместно с ФРИИ организуют мероприятие в формате Science café на тему Интернет ДНК (Internet of DNA). 

Темп технологического развития действительно поражает: к 2031 году секвенирование генома будет занимать всего 94 секунды и стоить меньше 1 доллара. Такие масштабные перемены обещают значительно изменить наше общество.

В 2015 году Интернет ДНК был назван прорывной технологией по мнению MIT Technology Review.

Темы мероприятия:

• Интернет ДНК  — концепция, суть, этапы реализации, драйверы и сдерживающие факторы
• Интернет ДНК и безопасность геномных данных, этические вопросы
• Каких результатов удалось достигнуть на сегодняшний день
• Как Россия может участвовать в процессе

Спикеры:

David Haussler, PhD in computer science, эксперт по биоинформатике Калифорнийского университета в Санта-Круз (University of California, Santa Cruz), один из основателей Международного Альянса по Геномике и Здравоохранению (Global Alliance for Genomics and Health). Дэвид расскажет об общей задаче Интернета ДНК и статусе развития на сегодня.

Андрей Запарий, ведущий разработчик в области биоинформатики R&D Центра Dell EMC в Сколково.

Андрей расскажет об особенностях создания технологической инфраструктуры для работы с геномными данными и их интеграции с традиционной медицинской информацией на примере пилотного проекта c Массачусетской больницей в Бостоне (Massachusetts General Hospital)

Программа:

18:30 – Начало регистрации

19:00 – 19:10 – Вступительное слово организаторов

19:10 – 19:40 – David Haussler, выступление в формате видео-конференции

19:40 – 20:00 – Андрей Запарий, презентация

20:00 – 20:45 – Панельная дискуссия с представителями российского академического сообщества и биотех-компаний

20:45 – Q&A

Приглашенные эксперты в рамках панельной дискуссии обсудят значимость создания Интернета ДНК, существующие или потенциальные проблемы в практике работы с потоками геномных данных, этические аспекты и вопросы безопасности, а также потенциальную роль России в этом процессе.

Участники: 
- Валерий Ильинский, генеральный директор и сооснователь компании Genotek
- Сергей Мусиенко, генеральный директор биомедицинского холдинга «Атлас»
- Андрей Гаража, специалист по прикладным биомедицинским технологиям, директор центра биогеронтологии и регенеративной медицины
- Геннадий Рабаев, врач-онколог, генеральный директор «Онко Генотест» 

- Михаил Пятницкий, биоинформатик, «Персональная биомедицина»

Модератор: Юрий Пеков, директор компании «Бластим». 

Что такое Интернет ДНК?

Число секвенированных геномов человека скоро из тысяч превратится в миллионы. Интернет ДНК нацелен на создание технологической инфраструктуры, а также этических, нормативных и клинических условий, чтобы соединить разрозненные хранилища геномных и клинических данных людей по всему миру.

Наверняка, вы много слышали про понятие персонализированной медицины. Она основана на обработке и анализе больших массивов новых типов данных, называемых «омиксными». Они получаются путем анализа структуры молекул ДНК, молекул РНК, белковых молекул и других типов подобных данных. Кроме того, учитываются и традиционные данные: результаты различных анализов, двухмерные и трехмерные изображения, записи и назначения в медицинской карте. Все они могут дать наиболее полную индивидуальную картину состояния  организма пациента.

Однако для врача и исследователя имеют ценность не сами гигантские массивы геномной информации, а результаты их сложной математической обработки, а также сопоставления с аналогичными данными других больных в мире. Так, опыт миллионов других пациентов помогает в лечении и прогнозировании заболеваний конкретного больного. В первую очередь это касается онкологических, редких и инфекционных болезней.

А как это возможно сделать? Сейчас данные хранятся в медицинских и научных организациях по всему миру, все они имеют разные форматы и структуру. Они очень велики по объему и являются одним из главных и наиболее быстро растущих источников данных в мире. Например, Международный консорциум по изучению ракового генома описал 89 видов заболеваний.  Для загрузки этих данных в полном объеме с самой быстрой скоростью потребуется примерно полгода.

В США порядка 40% научных  и медицинских учреждений пересылают записанную на диск информацию по почте.

Таким образом, объединив в Интернете ДНК информацию о геномах людей со всего мира и создав инфраструктуру для ее хранения, анализа и обмена, врачи и ученые могут диагностировать редкие заболевания и найти ключи к лечению многих болезней.

Развитием Интернет ДНК занимается Международный Альянс по Геномике и Здравоохранению (Global Alliance for Genomics and Health, GA4GH). Альянс был основан в 2013 и объединяет университеты, медицинские организации научные центры и крупнейшие компании в области информационных технологий по всему миру. В Альянсе есть рабочие группы и проекты, которые в рамках общей цели (создание Интернет ДНК) работают над различными задачами. Исследователи надеются, что их работа может быть такой же важной для медицинской науки, как HTTP-протокол для Интернета в целом.

Помимо технологических задач Альянсом решаются социальные проблемы: согласие на обработку данных и передачи их между странами, аспекты конфиденциальности.

Среди членов Альянса представители 446 компаний и организаций из 70 стран мира. Туда входят в том числе представители Amazon Web Services, Google,, University of Oxford, Berkeley, Harvard Medical School, National Cancer Center, Dell EMC и др.

Центр исследований и разработок Dell ЕМС по облачным технологиям и большим данным в Сколково специализируется на создании решений для облачных вычислений и технологий аналитики больших данных для решения задач в медицине, биологии, других отраслях. Центр сотрудничает с российскими университетами, государственными учреждениями, российскими и международными компаниями в сообществе «Сколково». В числе партнёров московского Центра компания Parseq Lab, Санкт-Петербургский Академический университет – научно-образовательный центр нанотехнологий Российской академии наук (СПб АУ НОЦНТ РАН, Академический университет), Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики» (НИУ ВШЭ). R&D Центр также является участником Глобального альянса по геномике и здравоохранению (GA4GH).

Информационные партнеры: